Program Studi D3 Keperawatan Jayapura dipimpin oleh Ketua Program Studi (Ka.Prodi) yang dipilih dan ditetapkan berdasarkan SK Direktur No. KP.03.01/2.1/0398/2019 yang memiliki tugas Pokok mengimplementasikan kebijakan Poltekes Kemenkes Jayapura dalam Tri Dharma Perguruan Tinggi bidang Keperawatan demi tercapainya Visi Prodi dan Poltekkes. Untuk menunjang pencapaian Visi tersebut Program Studi D3 Keperawatan Jayapura mengembangkan struktur organisasi sesuai kebutuhan berdasarkan SK Direktur No OT.01.01/3.4/0233/2022 yang terdiri dari Ketua Program Studi, Unit Penjaminan Mutu, Bagian Akademikdan UKOM, Bagian Kemahasiswaan dan teknologi informasi, Bagian SDM, penelitian dan PkM, Bagian Administrasi Umum.

Ketua program studi bertanggung jawab terhadap penyelenggaraan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang dibantu oleh Bagian Akademik untuk kegiatan akademik, serta urusan kemahasiswaan kaprodi dibantu oleh Bagian Kemahasiswaan. Urusan sumber daya manusia bagi tenaga pendidikan dan kependidikan dibantu oleh Bagian SDM. Untuk menjamin kualitas penyelenggaraan pendidikan pada program studi secara berkala dilakukan Monitoring dan evaluasi oleh Unit Penjaminan Mutu Prodi.